Испания жаулап алушысы Дон Нуньо Белтран де Гузманның сол жерлерге үстемдігі мен күшін арттыру үшін елдің батыс жерлеріне үнемі шабуылдары нәтижесінде Жаңа Галисия Корольдігі деп аталатын жаңа провинция құрылды.
Бұл аймақта испандықтар негізін қалаған елді мекендерді үнемі бұзып отыратын әртүрлі жергілікті топтар өмір сүрген. Нуньо-де-Гузманның лейтенанты, капитан Хуан Б. де Онате провинцияларды тыныштандыруға және Нохистлан деп аталатын жерден Вилла-де-Гуадалахараны табуға бұйрық алды, бұл оны 1532 жылы 5 қаңтарда тоқтатты. Қалаға байырғы шабуылдарды ескере отырып. бір жылдан кейін ол Тоналаға, кейінірек Тлакотланға көшуі керек болды. Үшінші ауысым қаланы Атемаяк алқабына қоныстандыру үшін жүзеге асырылды, онда қала 1542 жылдың 14 ақпанында Нью-Галисия мен Дон Антонио де Мендосаның губернаторы ретінде Кристобал де Онатаның қатысуымен түпкілікті түрде құрылған болатын, содан кейін Мигель де Ибарраны мэр және лейтенант губернатор етіп тағайындаған Жаңа Испания вице-министрі.
Қала тез дамып, сол кездегі діни және азаматтық күштердің орталығы болған Компостеламен (қазіргі Tepic) бәсекеге түсе бастады, осылайша Гвадалахара тұрғындары Аудиенсия билігіне осындай қысым көрсетті, яғни король Фелипе II Компостеладан Гвадалахараға, соборға, корольдік сотқа және қазынашылық шенеуніктерге көшу үшін 1560 жылы 10 мамырда Цедула шығаруға шешім қабылдады.
Қалалық құрылым басқа отарлық қалаларға сәйкес жоспарланған, сондықтан оның орналасуы Сан Фернандо алаңынан шахмат тақтасы түрінде жасалған. Кейінірек Фрей Антонио де Сеговия Мексикальцинго мен Аналько маңын және Мескитан маңын ежелгі қалалардың бірі құрды. Әкімдік үйлер қазіргі Сан-Агустин храмы мен Әділет сарайы орналасқан алғашқы приходтық шіркеуге қарсы тұрғызылды.
Бүгінде колониалдық ғимараттарда көп тұратын керемет қала сәулетші Мартин Касильястың 1561 мен 1618 жылдар аралығында салған соборы сияқты міндетті архитектуралық мысалдарды ұсынады. Оның стилі алғашқы барокко ретінде жіктелді. Оның берік құрылымы бүгінгі ғимараттың өзіндік стиліне жатпаса да, қазіргі кезде Гвадалахара астанасының символы ретінде танылған қызықты мұнараларымен бірге қазіргі Гвадалахара алаңының алдында көтеріледі. Қарапайым мұнаралар 19 ғасырда жер сілкінісі салдарынан қирады, сондықтан дәл қазіргідей мұнаралар қосылды. Ғибадатхананың ішкі жағы жартылай готикалық стильде, оның шілтерінен жасалған қоймалары да бар.
XVI ғасырдағы басқа діни учаскелер - Сан-Франциско монастыры, 1542 жылы өзенге жақын, Аналко маңында құрылған және Реформация кезінде толығымен жойылған. Оның ғибадатханасы 17 ғасырдың соңында жөнделді, оның қарапайым соломон сызықтарымен барокко қасбеті салынған. Сан-Агустин монастыры 1573 жылы Фелипе II Корольдік Жарлығымен құрылды және қазіргі уақытта ғибадатханасын қатты Геррериандық сызықтардың қасбетімен және ішкі бөлігін қырлы қоймалармен сақтайды.
Санта-Мария-де-Грасия, тағы бір монастырьдық қор, Пуэбладағы Доминикандық монахтар басып алды, 1590 жылы Сан-Агустин Плазасының алдында салынды және оның ақшасын Эрнан Гомес де ла Пенья төледі. Құрылыс алты блокты алып жатыр, бірақ бүгінгі күні оның ғибадатханасы ғана сақталуда, 18 ғасырдың екінші жартысынан бастап неоклассикалық қасбеті бар.
